17 yaşındaki Codename 13, bir suikastçı olarak kendine yeni bir yol çizmek üzeredir. Gölge adlı gizli suikast kolektifinin en değerli üyesi olarak tanınan 13, ölümcül sanatında ustalık kazanmıştır. Ancak, Japonya’daki bir görevde yaptığı kritik hata, onu akıl hocası Umbra’nın korumasından mahrum bırakır ve Endonezya’nın Cakarta şehrine sürgün edilmesine neden olur. Cakarta’nın karanlık ve karmaşık sokaklarında saklanmaya çalışırken, 11 yaşındaki Monji ile tanışır. Monji, annesini acımasız bir suç örgütü tarafından kaçırılmış bir çocuk olarak, hayatta kalma mücadelesi vermektedir. Monji’nin durumu, 13’ün içindeki bastırılmış vicdanı uyandırarak onu harekete geçirir. Ancak Monji bir gün aniden kaybolduğunda, 13, onu kurtarmak için harekete geçmek zorundadır. Bu karar, yalnızca suç örgütlerine karşı bir savaş açmakla kalmayıp, aynı zamanda Gölge’ye ve akıl hocası Umbra’ya karşı da bir meydan okuma anlamına gelir. 13, Cakarta’nın tehlikelerle dolu sokaklarında Monji’yi kurtarmak için her türlü riski alacak ve düşmanlarıyla yüzleşmek zorunda kalacaktır.